Paniradya Kaistimewan dipimpin oleh seorang Paniradya Pati, dan bertugas untuk membantu Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta dalam penyusunan kebijakan urusan keistimewaan dan pengoordinasian administratif urusan keistimewaan.
Kedudukan
- Paniradya Kaistimewan berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Gubernur dan secara administratif dikoordinasikan oleh Sekretaris Daerah.
- Paniradya Kaistimewan dipimpin oleh Paniradya Pati